La investigación judicial concluyó que la hipótesis más probable, se vincula a la falta de mantenimiento del buque, a esta investigación la acompañó el informe de la comisión bicameral, que manifiesto, "la falta de recursos presupuestarios a lo largo de las distintas administraciones, la ausencia de actualización tecnológica y un nivel mínimo de mantenimiento en función de las horas de uso, produjeron un creciente deterioro del material, limitando sus condiciones operativas". Concluyendo, que la falta de continuidad afectó también las prácticas en el campo profesional y de ese modo se perdió la transmisión intergeneracional de las experiencias", todas estas fallas precedieron a la tragedia del ARA San Juan.

Además, el informe parlamentario revela que en pruebas de navegación en julio de 2017 el propio submarino advirtió sobre valores de concentración de hidrógeno muy superiores en la atmósfera interior. La nave contaba con dos sistemas para detectar el hidrógeno, ya que además del sistema original habría incorporado la válvula Eco 19 durante la reparación de media vida, realizada entre el 2007 y el 2015, de manera contraria a la prevista en los manuales de operaciones por considerarlas riesgosas.

RESPONSABLE Y CONSPIRADORES

El contraalmirante Enrique López Mazzeo, imputado en la causa, reconoció que la Armada conocía la ubicación del submarino hundido 20 días después de su desaparición y que desde el 5 de diciembre de 2017 el Gobierno de Mauricio Macri, imputado en la causa hoy sobreseído junta al ex ministro de defensa Aguad, tenían la información de la posición que se encontraba el navío, por lo que se solicitó un vehículo autónomo para verificar la posición. La armada británica, con el rompe hielo HMS Protector, se ofreció a realizar la tarea, sin embargo, la Armada Argentina, en ese momento a cargo del almirante Marcelo Srur jefe de la armada, también imputado, nunca autorizó esa búsqueda. Al año de la tragedia, el buque noruego Seabed Constructor, operado por la empresa norteamericana Ocean Infinity, halló al Ara San Juan en la zona próxima a la señalada por el buque chileno.

Por otro lado, los defensores de la hipótesis de la conspiración, argumentan que el Reino Unido tenía motivos para atacar al submarino argentino debido a la histórica disputa por las Islas Malvinas, atribuyéndole al ARA San Juan alguna misión de “espionaje” o detección de naves inglesas en zona prohibida.

Esto debido a la supuesta detección de un “ruido hidroacústico”, registrado por estaciones de monitoreo internacionales cerca de la última posición conocida del ARA San Juan, algunos teóricos afirman que ese sonido podría corresponder a un torpedo lanzado por un submarino inglés. Teoría desestimada por la representante legal de un grupo de los querellantes de la causa.